JPT超强T细胞激活肽池：覆盖更广人群的高效阳性对照新选择

成功开发疫苗和其他免疫疗法需要高效的免疫监测技术。通常，抗原特异性T细胞检测通过检测分泌的细胞因子（ELISA和ELISPOT）或胞内细胞因子（流式细胞术）来进行。在这些检测中，常用一些被广泛识别的病毒肽池作为阳性对照，因为它们能在大多数个体中诱导免疫反应。然而，相当一部分个体对这些肽池反应较弱或完全没有反应，可能是因为他们未曾接触过这些病毒，或者缺乏呈递某些肽段所需的HLA类型。在某些情况下，即使个体曾暴露于病毒且具备相应的HLA类型，也可能对这些肽段无反应，这可能与其特定的T细胞受体库和表位优势层级有关。为解决这一问题，JPT开发了一种改进的阳性对照肽池，其覆盖的病原体种类更广，对不同种族人群的覆盖范围也优于目前市面上任何其他肽池。

T细胞刺激依赖性检测需要阳性对照，以确认被测细胞在原则上能够对外来刺激作出反应。常用的阳性对照之一是包含23个MHC I类病毒肽的“CEF肽池”。该肽池由巨细胞病毒（CMV，HHV-5）、EB病毒（EBV，HHV-4）和甲型流感病毒（Flu）中的已知表位组成。这些病毒在成人中的感染率均超过50-80%，具体取决于病毒和研究人群。因此，大多数人很可能拥有针对至少一种病毒的特异性T细胞。CEF肽池的改良版本包括原始23个肽加上9个来自相同病毒的额外肽，称为“扩展CEF肽池”（32个肽），或原始23个肽加上4个来自破伤风梭菌的刺激肽，称为“CEFT肽池”（27个肽）。这些扩展版本已被广泛接受，并比原始CEF肽池更常用。然而，人类MHC（即人类白细胞抗原，简称HLA）的高度多样性增加了复杂性。原始CEF肽池是为覆盖欧洲白人群体中最常见的HLA等位基因而设计的，但在其他种族中，不同的HLA等位基因/等位基因组占主导地位。因此，现有的阳性对照肽池在其他种族中的效果往往不如在欧洲白人中理想。本文介绍了一种新型、增强型阳性对照肽池的设计，其在病原体覆盖和HLA等位基因覆盖方面均有显著提升。

由于已知刺激肽及其呈递HLA等位基因的丰富信息，JPT扩展了现有阳性对照肽池，增加了目标病原体数量和HLA类型，以提高T细胞阳性反应的概率。JPT公司现有阳性对照肽池（CEF、扩展CEF、CEFT和CEFT MHC-II）中使用的50个肽构成了扩展的核心肽池。首先，JPT检索了文献和公共表位数据库，寻找覆盖多种相关病原体和HLA类型的表位，从中筛选出数百个有潜力的刺激肽。随后，JPT根据覆盖多种族人群的目标进行肽段筛选。JPT使用美国国家骨髓捐献者计划发布的570万人HLA等位基因频率数据，涵盖16个种族群体，计算每个肽段在不同种族中的理论人群覆盖率（即具备相应HLA等位基因或等位基因组的个体比例）。

首先计算了现有核心肽池的人群覆盖率，然后计算每增加一个候选肽所带来的覆盖率提升，若该肽在所有种族中带来的覆盖率提升超过5%，则将其纳入最终肽池。化学稳定性预测不佳的肽段被排除。最终肽池包含176个肽，来自17种病原体。除了作为检测的阳性对照外，该肽池还可用于比较不同个体（或群体）之间的免疫反应，以更全面地评估T细胞免疫。为此，JPT设计了两个新肽池，一个包含人疱疹病毒5型（CMV）肽段，另一个不包含。这两个肽池分别称为CEFX Ultra SuperStim肽池（含CMV肽）和EFX Ultra SuperStim肽池（不含CMV肽）。由于CMV常引发强烈的T细胞反应，若使用CEFX肽池，可能会影响CMV感染者和未感染者之间的公平比较。如下图展示了CEFX/EFX肽池与目前最常用的CEFT肽池在人群MHC覆盖率方面的提升。

图1：CEFT肽池与CEFX和EFX Ultra SuperStim肽池的人群覆盖率比较 :

每个图代表一个HLA基因座。覆盖率是根据美国国家骨髓捐献者计划（National Bone Marrow Donor Program）中捐献者的HLA等位基因频率计算得出的。  

黑色：CEFT肽池（27个肽段）  

灰色：不含CMV的EFX Ultra SuperStim肽池（147个肽段）  

浅灰色：CEFX Ultra SuperStim肽池（176个肽段）

将外周血单个核细胞（PBMC）用于IFN-γ ELISPOT检测，并分别用标准阳性对照肽池CEFT以及新型肽池CEFX和EFX Ultra SuperStim肽池进行刺激。与CEFT相比，使用CEFX和EFX Ultra SuperStim肽池时观察到显著更多的斑点形成，如下图所示，反应强度提高了约50%。

JPT基于多种高感染率病原体的已知表位库，创建了两个新的阳性对照肽池：CEFX和EFX Ultra SuperStim肽池。肽段的选择依据包括已观察到的或预测到的HLA等位基因关联，以及多个种族人群中报告的HLA等位基因频率。新阳性对照肽池在理论上的病原体覆盖范围和人群HLA覆盖范围均优于目前最常用的传统阳性对照肽池（例如CEFT肽池）。因此，与常规肽池相比，JPT的新型CEFX和EFX Ultra SuperStim肽池在特定个体中引发阳性反应的概率更高，在大多数情况下应优先选用。

无论是经典的CEF肽池，拓展CEF肽池，CEFT肽池，CEFT MHC-II肽池，还是新型的CEFX和EFX Ultra SuperStim肽池，JPT都可以满足您的需求：