EpiNext染色质可及性测序快速试剂盒是一套完整的优化试剂,专为通过下一代测序技术对各种生物样本的染色质可及性进行全基因组分析而设计,包括核小体/转录因子定位。
艾美捷Epigentek-EpiNext染色质可及性测序快速试剂盒(#P-1071-12)具有以下优势:
极快速的三步协议:仅需1小时55分钟即可完成从细胞/组织样本到测序就绪文库DNA的整个流程,比ATAC-seq更快。该方法可最大限度减少核损伤,保留染色质结构,并避免线粒体污染。
用途广泛:适用于新鲜/冷冻组织的小细胞量样本,即使在恶劣环境下也能使用,与DNAse-seq/MNase-seq相比具有明显优势。
减少偏差:由于缺乏序列特异性切割,该方法可最大限度减少片段化偏差以及与GC或AT含量相关的偏差。
全面的试剂盒:包含每个步骤所需的所有必要组分,确保EpiNext染色质可及性测序快速试剂盒的便捷性和成本效益。
原理与流程:
该试剂盒包含从细胞/组织样本通过NGS进行染色质可及性全基因组分析所需的所有必要试剂。在此实验中,从细胞/组织中分离出细胞核,并将其暴露于独特的核酸切割酶混合物中。染色质被片段化,目标染色质两端的DNA序列被切割/移除,而目标蛋白/组蛋白占据的DNA序列则不受影响。然后将接头连接到目标蛋白/组蛋白结合的DNA片段上。连接后的DNA被释放、纯化,并使用高保真PCR混合液进行文库DNA构建。
左图. EpiNext染色质可及性测序快速试剂盒的流程示意图。
右图. EpiNext染色质可及性测序DNA文库的特性分析。
从100,000个MCF-7细胞中分离的染色质被切割并用于EpiNext染色质可及性测序快速试剂盒的DNA文库制备。该文库通过Bioanalyzer进行分析。
起始材料与输入量:
起始材料可以包括各种哺乳动物组织或细胞样本,例如来自烧瓶或微孔板培养的细胞、新鲜和冷冻组织等。最佳反应所需的细胞/组织量可以从50,000个细胞或5 mg组织到500,000个细胞或50 mg组织不等。
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