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如何定量检测目的基因甲基化水平

发布者:艾美捷科技    发布时间:2021-03-25     
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今天我给大家来唠唠关于目的基因甲基化检测方面(m6A、 5mC和5hmC)的产品搭配,不过我的搭配也只是一种可能的选择(不过也有文章报道过我说的方式),所以我今天也只是给大家推荐推荐,看看能不能给小伙伴们的研究带来一种思路,如果小伙伴觉得可行,可以咨询小艾进行产品问询,如果您觉得不可行,也欢迎各位小伙伴批评指正哦~~


具体事情是这样的,最近收到很多小伙伴的问询,比如:


“我想要检测xxx基因的5mC甲基化水平,请问用您们的Epigentek p-1030试剂盒可以检测吗?”

“我想要检测xxx基因的5hmC甲基化水平,用您们的Epigentek的p-1032可以检测吗?”

“请问用p-9005可以检测xxx基因的m6A水平吗?”……


但是呢,上述说的3个试剂盒p-1030、p-1032和p-9005都是用来检测总体水平的5mC、5hmC和m6A的量,不能检测单个基因的。


这么回复之后,有小伙伴又问:“我是不是可以自己购买特定目标基因的抗体用这个试剂盒进行检测呢?比如我要检测A基因的甲基化,我去购买A基因的抗体,搭配这个试剂盒检测可以吗?”


RE: 不可以哦,这个试剂盒里面的抗体是专门针对这些修饰位点进行设计的,也是经过厂家验证能够匹配整个试剂盒使用的,所以如果您用自己的抗体来进行实验,很可能是检测不到的呢。如果您能提取单个基因的DNA或者RNA样本,倒是可以用这些试剂盒检测。不过有点难呢,当然客户可以自行尝试~~

“那有可以检测单个基因的产品推荐吗?我不要检测总的,就要检测单基因的。”

相信有很多小伙伴对这方面很感兴趣。接下来我们就大家说说我“建议”的思路。


1.如何定量检测A基因的DNA 5mC甲基化水平?


关于DNA 5mC甲基化水平的检测,如果是检测总的,那很好办,一个p-1030或者p-1034就可以搞定,简单快捷,结果还好看。但是针对特定基因的话,就不能用这个产品了。我这边的思路主要2个:


【1】关于特异基因的甲基化修饰检测我想大家有个先入为主的概念就是MSP或者BSP。BSP是甲基化检测的金标准,不过我今天就不细说了。主要说说MSP—甲基化特异性PCR。MSP的实验过程简单来说就是提取样本中的DNA进行亚硫酸盐转换,最后将转换的DNA进行定量PCR,由此来确定特异基因甲基化修饰。


产品搭配:


产品A产品B
Cat#p-1026 BisulFlash DNA Modification KitCat#p-1028 Methylamp MS-qPCR Fast Kit
搭配描述:客户可用自己的方式提取DNA,再用p-1026进行亚硫酸盐转换,转换后甲基化的5-mC保持不变,没有甲基化C转换成U。之后用p-1028进行MS-qPCR,针对目的基因设计一对靶向甲基化区域的引物进行PCR即可。而且用我们的MS-qPCR可将时间缩短到70min(1h 10min)钟哟,普通的一般需要(2.5h)


产品转换流程和结果展示:


BisulFlash DNA Modification Kit


【2】IP。IP是个非常常用的技术手段,几乎听到IP大家都能知道这是干啥的。不过大家也有个先入为主的概念,就是IP只能下拉蛋白,是不是?IP抗体+磁珠,下拉下来的不就是蛋白嘛!但是,我们的IP试剂盒产品是可以下拉DNA和RNA的。我们现在需要的是含有5mC的DNA对吧?我们有专门的IP试剂盒下拉所有含有5mC的DNA。


产品搭配方案:


产品A产品B
Cat# p-1015:Methylamp Methylated DNA Capture (MeDIP) Kit
Cat# p-1052:EpiQuik MeDIP Ultra Kit
Cat# p-1028:Methylamp MS-qPCR Fast Kit
Cat# p-1029:  EpiQuik? Quantitative PCR Fast Kit
搭配描述:客户可用自己的方式提取DNA,再用p-1015或者p-1052进行5mC甲基化DNA下拉富集,再用p-1028进行甲基化特异性PCR实验,进行特异基因甲基化的定量。也可以使用p-1029进行qPCR。(厂家推荐:p-1052&p-1029;)


产品富集流程+结果展示:


EpiQuik MeDIP Ultra Kit

EpiQuik MeDIP Ultra Kit


2.如何定量检测A基因的 5hmC甲基化水平?


关于DNA羟甲基化的定量检测,我们检测总的话就是p-1032,基于ELISA的方法,可进行绝对的定量。而特异基因的5hmC检测参照的方式与5mC的一样,也是先IP下来所有的5hmC DNA,再进行定量检测。


产品搭配:


产品A产品B
Cat# p-1038:EpiQuik? Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation (hMeDIP) KitCat# p-1029:  EpiQuik? Quantitative PCR Fast Kit
搭配描述:客户可用自己的方式提取DNA,再用p-1038进行5hmC甲基化DNA下拉富集,再用p-1029,进行特异基因5hmC甲基化的定量。


产品富集流程+结果展示:


EpiQuik? Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation (hMeDIP) Kit

EpiQuik? Quantitative PCR Fast Kit


3.如何定量检测A基因的 RNA m6A甲基化水平?


检测总的RNA m6A的量我们常用的是p-9005,而且这个产品我们卖的非常火,购买的人也非常的多,同时参考文献也很多,我们是有现货的。所以因为这个产品好用名气大,所以很多小伙伴想用这个试剂盒来检测单个基因的m6A的量。但是,这个产品也不能检测单个基因的RNA m6A的量。所以,至于如何进行单个基因的,我推荐的思路与前面DNA的5mC和5hmC是一样的。也是先进行IP,再进行PCR实验,这里就多了一步反转录。


产品搭配:


产品A产品B
Cat# p-9018:EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment (MeRIP) Kit
Cat# 202-003:m6A 抗体
Cat# p-1029:  EpiQuik? Quantitative PCR Fast Kit
搭配描述:客户可用自己的方式提取RNA,用p-9018进行m6A RNA富集,将富集后的m6A RNA进行发转录后,进行qPCR。也可以使用我们的m6A抗体,进行IP实验,我们的m6A抗体适用实验类型多,物种广,参考文献多,感兴趣的欢迎前来垂询~~(目前p-9018和202-003都是现货~~)


产品富集流程+结果展示:


m6A 抗体

m6A RNA富集


当然,我们的产品不止我提到的这些,还有其他的产品可供选择,大家若是感兴趣,可以咨询小艾哟~~~


到这儿,您心动了吗?马上联系小艾吧!

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艾美捷科技与国内外优秀的生物试剂供应商优保持着密切的合作关系,目前已成为众多国际知名品牌的中国总代理或一级代理,主要包括:AmyJet、AmyJet、AAT Bioquest、Abbexa、Abnova、Agrisera、Anogen、Biosensis、Biovision、Caisson Labs、Cayman Chemical、Cell Biolabs、Cytoskeleton、Demeditec、Duchefa、Epigentek、Equitech-Bio、EXBio、Fitzgerald、GeneCopoeia、Hycult Biotech、ImmunoReagents、ImmunoStep、Jackson、LifeSensors、LigaTrap、Mabtech、Matreya、Norgen Biotek、Origene、ProImmune、ProSpec、ScyTek、Solis BioDyne、SouthernBiotech、StressMarq、SySy、US Biological、TRC等,可以在短时间内为用户提供专业的前沿资讯、完备的产品及物流服务。


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