6-ROX, SE [6-羧基-X-罗丹明，琥珀酰亚胺酯]，核酸测序专用标记工具

一、产品概述

6-ROX SE（6-Carboxy-X-rhodamine, succinimidyl ester）是 5(6)-ROX SE 经纯化获得的单一异构体形式。由艾美捷代理AAT Bioquest推出，货号：AAT-392。该试剂通过琥珀酰亚胺酯（NHS 酯）官能团与伯胺基团反应，主要用于核苷酸标记和核酸测序等应用场景。作为罗丹明家族的成员，ROX 在荧光光谱上具有独特的定位——激发峰 578 nm，发射峰 604 nm，是 qPCR 中常用的被动参比染料。

二、产品基本信息

参数 | 数值

外观 | 紫色固体

分子量 | 631.67 Da

溶解性 | 溶于 DMSO

激发峰 | 578 nm

发射峰 | 604 nm

储存条件 | 冷冻（<-15°C），严格避光

有效期 | 收货后 6 个月

三、关键注意事项：ROX 的不稳定性

与 Alexa Fluor 或 Cy 系列等光稳定性优异的染料不同，ROX 对储存条件极为敏感。 相较于其他罗丹明类染料，ROX 的化学结构使其更容易发生降解，具体表现为荧光信号衰减或光谱偏移。

必须严格遵守以下操作规范：

1. 严格冷冻储存：必须保存在 -15°C 以下环境，不可冷藏或室温放置

2. 最大限度避光：所有操作及储存容器均需使用铝箔包裹或棕色瓶

3. 及时使用：有效期仅 6 个月（自收货起），建议分装后单次使用，避免反复冻融

4. 溶剂选择：仅使用 DMSO 复溶，避免使用含伯胺的溶剂（如 Tris 缓冲液会消耗 NHS 酯活性）

四、主要应用

6-ROX SE 通过 NHS 酯化学与胺修饰的寡核苷酸或核苷酸共价偶联，主要应用于：

-核酸测序：作为荧光标记物掺入测序反应体系

-核苷酸标记：制备荧光标记的 dNTP 或 ddNTP

-qPCR 校正：作为被动参比染料，校正非 PCR 相关的荧光波动

五、与其他 ROX 形式的区别

产品 | 说明

5(6)-ROX SE | 混合异构体，未经分离

6-ROX SE | 单一纯化异构体，光谱性能和标记一致性更优

相较于混合异构体，6-ROX SE 提供更均一的标记产物和更可重复的荧光特性，适用于对标记质量要求较高的核酸分析应用。

综上，6-ROX SE 在核酸标记应用中具有特定价值，但其不稳定性要求使用者在储存和操作全流程中保持高度规范，以获得可靠且可重复的实验结果。

文献参考：

Four-color DNA sequencing by synthesis on a chip using photocleavable fluorescent nucleotides

Authors: Seo TS, Bai X, Kim DH, Meng Q, Shi S, Ruparel H, Li Z, Turro NJ, Ju J.

Journal: Proc Natl Acad Sci U S A (2005): 5926

Evaluation of surface-enhanced resonance Raman scattering for quantitative DNA analysis

Authors: Faulds K, Smith WE, Graham D.

Journal: Anal Chem (2004): 412

Photocleavable fluorescent nucleotides for DNA sequencing on a chip constructed by site-specific coupling chemistry

Authors: Seo TS, Bai X, Ruparel H, Li Z, Turro NJ, Ju J.

Journal: Proc Natl Acad Sci U S A (2004): 5488

Adsorption of oligonucleotides on PMMA/PNIPAM core-shell latexes: polarity of the PNIPAM shell probed by fluorescence

Authors: Prazeres TJ, Santos AM, Martinho JM, Elaissari A, Pichot C.

Journal: Langmuir (2004): 6834

Blue light-induced generation of reactive oxygen species in photoreceptor ellipsoids requires mitochondrial electron transport

Authors: Yang JH, Basinger SF, Gross RL, Wu SM.

Journal: Invest Ophthalmol Vis Sci (2003): 1312