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蛋白质胞内胞外分布预测

发布者:艾美捷科技    发布时间:2021-04-30     
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众所周知,在细胞膜或者膜结构上有很多跨膜蛋白,它们有些片段在细胞外,有些片段在细胞内,分别发挥着不同的功能。对于研究比较程度的蛋白指标而言,小伙伴们都可以通过成熟的数据库平台进行查阅,比如:我们的老朋友平台:Uniprot


Uniprot.png


下面均以EGFR(P00533)蛋白为例,展示如何查找或者预测蛋白质的胞内与胞外分布:


已知蛋白,UniProt:


1.查找蛋白指标:VEGF,找到对应的种属蛋白:



VEGF.png


2.点击亚细胞定位(Subcellular location)


Subcellular location.png


3.往下翻找到Topology(拓扑学),了解胞内,胞外分布:


Topology.png


未知蛋白(暂无数据库提供胞内胞外分布),Topcons


1.打开Topocons网站:http://topcons.cbr.su.se/


topcons.png


2.如上图,在文本框中导入相关序列的FASTA格式序列(必须含>sp...相关内容),建议提供您的邮箱(结果预测出来后,会给您发邮件,如下图),然后点击提交(Submit)即可。


Submit.png


3. 观察结果:蓝色表示胞外部分(26-644 aa);红色表示胞内部分(666-1210 aa)。


26-644 aa1.png


通过上述2种方法对比发现,其实Topcons预测结果,与实验验证的数据库Uniprot结果非常接近,可信度非常棒!

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